PENS merupakan proyek kerjasama antar Pemerintah Indonesia dan Pemerintah Jepang melalui JICA, Japan Cooperation Agency. Pada tahun 1988 PENS menerima hibah sebesar 1.895.000.000 yen dari Pemerintah Jepang untuk konstruksi bangunan dan perlengkapan pengajaran, termasuk pelatihan staf PENS di Jepang dan mendatangkan tenaga ahli dari Jepang untuk mempersiapkan hal-hal yang diperlukan, seperti course note, job sheet, dan job arrangement system (JAS). PENS, oleh Pemerintah Jepang dipandang sebagai proyek kerjasama yang sangat berhasil dibandingkan dengan proyek kerjasama Pemerintah Jepang di seluruh dunia, sehingga pada tanggal 30 Juli 1999 PENS menerima “JICA Special Award for International Cooperation” dari Pemerintah Jepang.
Bangunan PENS saat ini seluas kurang lebih 25.000 m2 terletak pada area seluas 6 ha dan merupakan bagian dari kampus Intitut Teknologi Sepuluh Nopember (ITS) Surabaya. Komplek PENS terdiri dari kantor administrasi, ruang laboratorium, ruang workshop, ruang kuliah, ruang seminar, ruang proyek akhir, perpustakaan, asrama mahasiswa dan kantin. Sejalan dengan tujuan PENS untuk menghasilkan rekayasawan yang memiliki kompetensi dan berwawsan, PENS dilengkapi dengan fasilitas pendidikan yang lengkap baik untuk kebutuhan praktikum maupun perkuliahan. Laboratorium yang modern dilengkapi dengan peralatan terbaru.